De kerk is vernoemd naar Jacobus de Meerdere, één van de teaalf apstelen. In het Spaans wordt hij aangeduid als Santiago, waarmee de verbinding met Santiago de Compostella is gezegd. De Vlissingse Sint Jacobskerk ligt sinds eeuwen langs de pelgrimsroute. Het verhaal is the lezen op het bedevaartsmonument naast de kerk. In 1572 werd de kerk overgenomen door de protestanten. Na de val van Antwerpen in 1585 stuurde koningin Elizabeth 1 de graaf van leicester met een leger van 6000 soldaten naar Vlissingen om hulp te bieden aan de Republiek. Er stond in Vlissingen een Engelse gemeenschap die na enige tijd de kerk voor haar eigen protestantse diensten mocht gebruiken. Daartoe werd het noordwijk transept van de kerk afgescheiden met een poortingang aan de Lepelstraat. Dit poortgebouw is later verplaatst naar de Branderijstraat. Oorlogsgeweld ging ook aan de Sint Jacobskerk niet voorbij. In 1911 brandde de kerk geheel af en tijdens de watersnoodramp van 1953 liep de kerk wederom grote schade op. Mede daardoor staat de kerk symbool voor veerkracht en wederopbouw. Op 5 september viel de kerk ten prooi aan een grote brand, waarbij alleen het stenen casco en een deel van de pilaren overeind bleven. Het interieur ging geheel verloren, waaronder het orgel. De brandende spits was op de vloer terecht gekomen, waardoor veel grafzerken werden beschadigd. Hierdoor werd de vloer met 70 cm verlaagd, wat nu nog goed te zien is. Tijdens de restauratie werd de Engelse kerk in het noordelijk transept aangekocht, waardoor dit zijn oorspronkelijke oppervlak terugkreeg. Er werd een nieuw orgel geplaatst, gebouwd door de firma Van Dam. De restauratie werd in 1915 voltooid voor een totaalbedrag van f. 183.000. Geschiedenis
Een bewogen geschiedenis
De kerk is ook nauw verbonden mert Michiel de Ruyter, die er gedoopt werd en trouwde. De brand van 1911